ООО «Порт Серпухов» активно участвует в восстановлении биоресурсов р. Оки. С 2008 года, каждый год в Оку выпускается молодая стерлядь. Так ООО «Порт Серпухов» участвует в программе компенсации ущерба рыбным ресурсам в реке, при добычи нерудно-строительных материалов.

На протяжении нескольких лет ООО «Порт Серпухов» занимается искусственным воспроизводством водных биологических ресурсов. Так например, в навигацию 2009 года ООО «Порт Серпухов» закупил, в рыбозаводном цехе Алексинского химкомбината, стерлядь для разведения в количестве 37 850 шт. В 2010 году 37 403 шт. В навигацию 2011 года 59 600 шт. В 2013 году 21 235 шт., а в 2015 году 21 527 шт. ООО «Порт Серпухов» осуществляет добычу песчано — гравийных материалов гидромеханизированным способом. Работы производятся земснарядом с дальнейшей погрузкой песка в баржи и транспортировкой потребителям. Рабочим проектом предусмотрен и осуществляется маркшейдерский контроль над соблюдением геометрических параметров разрабатываемых блоков.

Для предотвращения загрязнения водоемов нефтепродуктами земснаряд, грузовой и вспомогательный флот оборудованы системами закрытой бункеровки топливом и ГСМ. Для исключения загрязнения реки сточными водами, хозяйственно- бытовыми стоками, сухим мусором на всех плавсредствах установлены закрытые опломбированные емкости по их сбору. Сбор загрязнений осуществляется самоходной очистительной станцией с последующей сдачей на переработку.

Ежегодно для улучшения состояния водной акватории, ее охраны составляется план природоохранных мероприятий, назначаются ответственные за соблюдение экологического законодательства, за сбор, хранение и сдачу отходов. Разработан план мероприятий по предотвращению загрязнений водоемов и ликвидации последствий аварийных разливов нефтепродуктов, проводится мониторинг водных объектов специализированной лабораторией.